Un atlas mondial recense près de 55 000 virus à ARN dans les villes et leurs environs

Des scientifiques ont créé un catalogue mondial de 54 945 virus à ARN présents dans les milieux urbains et périurbains, dont environ 77 % n’avaient jamais été documentés auparavant. UPVAtlas offre une base de référence d’une ampleur inhabituelle pour étudier les communautés virales encore largement inexplorées qui entourent les humains, sans pour autant laisser entendre que ces virus constituent de nouvelles menaces sanitaires.

L’étude internationale, publiée dans Nature Communications, a examiné 2 922 échantillons provenant de 102 villes de 31 pays. Les chercheurs ont analysé du matériel génétique prélevé sur des surfaces fréquemment touchées, telles que les mains courantes, les bancs et les distributeurs de titres de transport, ainsi que des échantillons d’eaux usées, de sol, de sédiments, d’eau douce et de serres. Le séquençage métatranscriptomique et les outils bioinformatiques ont permis à l’équipe de trier des millions de fragments d’ARN et d’identifier des séquences virales sans se limiter à la recherche d’organismes pathogènes connus.

Un hôte potentiel n’a pu être proposé que pour environ un tiers des séquences. Plus de la moitié de ce sous-ensemble correspondait à des virus infectant des bactéries, ce qui souligne la faible part du catalogue pouvant actuellement être reliée à une infection humaine. Les chercheurs ont également identifié 166 bactériophages ayant déjà infecté des bactéries importantes sur le plan clinique, offrant ainsi des candidats pour de futures études sur la phagothérapie et la résistance aux antibiotiques.

Les eaux usées présentaient une diversité virale parmi les plus élevées, renforçant leur intérêt potentiel pour la surveillance environnementale. Le rythme des découvertes n’ayant pas commencé à plafonner à mesure que davantage d’échantillons étaient analysés, l’atlas ne recense probablement qu’une fraction de la diversité présente. De futurs prélèvements pourront désormais révéler comment les communautés virales urbaines évoluent au fil du temps.