Un nouvel atlas du génome rend consultables les prédictions de 9 milliards de modifications de l’ADN

Les chercheurs du monde entier peuvent désormais consulter des prédictions précalculées pour toutes les substitutions possibles d’une seule lettre dans un génome humain de référence, sans avoir à exécuter eux-mêmes un modèle d’IA exigeant en ressources. AlphaGenome Atlas, de Google DeepMind, couvre neuf milliards de modifications, correspondant aux trois lettres alternatives de l’ADN à chacune des quelque trois milliards de positions. Cette ressource d’un pétaoctet est accessible gratuitement pour un usage non commercial, via un portail web et une interface de programmation.

Chaque variant est accompagné de prédictions sur ses effets moléculaires possibles, notamment les modifications de l’activité des gènes, de la maturation de l’ARN et de la chromatine. Un nouveau score AlphaGenome Variant Impact synthétise ces signaux pour aider les chercheurs à déterminer quels candidats méritent une étude approfondie. L’atlas comprend également des prédictions pour plus de 100 millions de courtes insertions et délétions déjà observées dans des génomes humains.

Cette ressource pourrait être particulièrement utile pour les quelque 98 % du génome qui ne codent pas de protéines et qui sont beaucoup plus difficiles à interpréter. Lors des premiers essais, des chercheurs ont utilisé l’atlas pour retenir en priorité un variant non codant associé à une épilepsie sévère, et les travaux en laboratoire ont corroboré l’effet prédit. D’autres utilisateurs ont réduit de vastes ensembles de candidats dans des études de population.

Les éléments probants restent préliminaires. L’article scientifique associé est une prépublication, et le modèle peut ne pas détecter certains effets de régulation, présente des lacunes dans ses données d’entraînement et ne peut pas rendre pleinement compte des modifications qui interagissent entre elles ou produisent des effets indirects. Ses prédictions servent à orienter les expériences et ne remplacent ni les preuves obtenues en laboratoire ni une évaluation clinique individualisée.