Atlas global mendata hampir 55.000 virus RNA di kota dan sekitarnya

Para ilmuwan telah menyusun katalog global berisi 54.945 virus RNA yang ditemukan di lingkungan perkotaan dan pinggiran kota, sekitar 77% di antaranya belum pernah didokumentasikan. UPVAtlas menyediakan data dasar dengan cakupan sangat luas untuk mempelajari komunitas virus di sekitar manusia yang sebagian besar belum diteliti, tanpa menyiratkan bahwa virus-virus tersebut merupakan ancaman kesehatan baru.

Studi internasional yang diterbitkan di Nature Communications ini meneliti 2.922 sampel dari 102 kota di 31 negara. Para peneliti menganalisis materi genetik dari permukaan yang sering disentuh, seperti pegangan tangan, bangku, dan mesin tiket, beserta sampel dari air limbah, tanah, sedimen, air tawar, dan rumah kaca. Sekuensing metatranskriptomik dan perangkat bioinformatika memungkinkan tim memilah jutaan fragmen RNA serta mengidentifikasi sekuens virus tanpa membatasi pencarian hanya pada organisme penyebab penyakit yang sudah dikenal.

Dugaan tentang inang hanya dapat diajukan untuk sekitar sepertiga sekuens. Lebih dari separuh kelompok tersebut merupakan virus yang menginfeksi bakteri, menegaskan betapa sedikit bagian katalog yang saat ini dapat dikaitkan dengan infeksi pada manusia. Para peneliti juga mengidentifikasi 166 bakteriofag dengan riwayat menginfeksi bakteri yang penting secara klinis, sehingga menyediakan kandidat untuk penelitian mendatang mengenai terapi fag dan resistansi antibiotik.

Air limbah termasuk lingkungan dengan keragaman virus tertinggi, memperkuat potensi manfaatnya untuk surveilans lingkungan. Karena jumlah penemuan belum menunjukkan kecenderungan mendatar seiring bertambahnya sampel yang dianalisis, atlas ini kemungkinan hanya mencakup sebagian kecil keragaman yang ada. Pengambilan sampel mendatang kini dapat mengungkap bagaimana komunitas virus perkotaan berubah dari waktu ke waktu.